Bäume können aus verschiedenen Gründen unter Schutz stehen; in jedem Fall ist der Artenschutz zu beachten (siehe Punkt 5).
1. Bäume unterliegen grundsätzlich dem Schutz von Natur und Landschaft nach § 13 Bundesnaturschutzgesetz (BNatSchG). Demnach sind erhebliche Beeinträchtigungen von Natur und Landschaft vom Verursacher vorrangig zu vermeiden. Nicht vermeidbare erhebliche Beeinträchtigung sind durch Ausgleich- und Ersatzmaßnahmen auszugleichen.
2. Bäume können aufgrund können aufgrund ihrer Seltenheit, Eigenart und Schönheit oder aus wissenschaftlichen, naturgeschichtlichen oder landeskundlichen Gründen als Naturdenkmal ausgewiesen werden (vgl. § 28 BNatSchG).
3. Alleen außerhalb des Waldes an öffentlichen oder privaten Verkehrsflächen und Feldwegen sind nach § 14 Thüringer Naturschutzgesetzes (ThürNatG) i. V. m. § 29 BNatSchG geschützt; ausgenommen hiervon sind Alleen im räumlichen Geltungsbereich der Baumschutzsatzung einer Gemeinde.
4. Aufgrund des § 14 Abs. 1 ThürNatG i. V. m. § 29 BNatSchG können Gemeinden oder Städte durch Satzung den Schutz des Baumbestandes (Baumschutzsatzung) innerhalb der im Zusammenhang bebauten Ortsteile und des Geltungsbereichs der Bebauungspläne regeln. Informationen hierzu können bei der zuständigen Verwaltung erfragt werden
5. Bäume können aufgrund von artenschutzrechtlichen Belangen einem Schutzstatus unterliegen.
a) Gemäß § 44 Abs. 1 Nr. 3 BNatSchG ist es verboten Fortpflanzungs- oder Ruhestätten der wild lebenden Tiere der besonders geschützten Arten (z. B. Greifvogelhorste, Fledermausquartiere, Hornissen- oder Singvogelnester) aus der Natur zu entfernen oder zu zerstören. Deshalb ist es verboten, Gehölze mit aktuell oder regelmäßig genutzten Nestern sowie Höhlenbäume zu fällen.
b) Gemäß § 39 Abs. 5 Nr. 2 BNatSchG ist es verboten, Gehölze in der Zeit vom 01.03. bis 30.09. abzuschneiden, auf den Stock zu setzen oder zu beseitigen; zulässig sind schonende Form- und Pflegeschnitte zur Beseitigung des Zuwachses der Pflanzen oder zur Gesunderhaltung von Bäumen (zeitliches Fällverbot).